Nierozerwalną częścią aikido jest aikiken (tłum. ken – miecz). Jest to dział technik z wykorzystaniem drewnianego miecza określanego jako boken. Wszystkie formy aikiken oparte są o podstawowe zasady aikido, choć swoje korzenie mają w starych stylach władania mieczem. Jest to najbardziej trudny do opanowania dział aikido, przez co często pomijany przez adeptów aikido. Aby biegle posługiwać się w aikiken należy posiadać umiejętność czucia właściwego dystansu (często nie patrząc na przeciwnika) i mieć idealny timing (wyczucie wejścia z techniką obronną). Biegłe posługiwanie się boken w różnych pozycjach, praca głowy i bioder oraz wspomniany timing i dystans właściwie zastosowane pozwalają na tzw. kontrolę lini centralnej uke. Poszczególne techniki wykonywane na poziomie mistrzowskim wykonywane są w ułamku sekundy z wyprzedzeniem intencji uke, przez co pierwszorzędowe jest doprowadzenie wszystkiego do reakcji instynktownych przy zachowaniu maksymalnego relaksu psychofizycznego. Inaczej mówiąc nie ma czasu na myślenie jaką i kiedy zastosować technikę. Shihan Savegnago i Wysocki podkreślają zawsze, że techniki boken to „ideał” aikibudo, a miecz posiada swoją duszę i należy podchodzić do technik aikiken z dużym respektem.

Techniki miecza przekazane przez O'senseia Hirokazu Kobayashiemu pochodzą w większości ze stylu Yagyu którego prekursorem był Yagyu Munenori. Zasadniczą cechą różniącą Aikiken od swego przodka jest brak gardy. Zgodnie z zasadami Aikiken występowanie gardy uniemożliwia bezpośredni atak bez uprzedniego jej rozbicia. Stąd wszystkie techniki Aikiken zaczynają się od odsłonięcia się - czyli opuszczenia boken. Rzeczą nie spotykaną w innych stylach Kenjutsu jest przestrzeganie w Aikiken sensei'a Kobayashiego zasady "oto nashi no ken" czyli "miecza nie czyniącego hałasu". Oznacza to, że podczas wykonywania technik powinno się dążyć wyeliminowania uderzeń miecza o miecz. Pozostałe zasady to ume no tachi (rozstrzygnięcie następuje gdy boken „nabiera” enegrię; ume - tłum. śliwa), matsu no tachi (rozstrzygnięcie gdy „boken” oddaje energię – opadający boken kończy akcję obronną; matsu tłum. - sosna) oraz take no tachi (najogólniej polega na wykorzystaniu energii pochodzącej od akcji uke przy zachowaniu zasady nieoporowania; take – tłum. bambus). Podstawowe działy treningu boken to kumi tachi i tachi dori. O ile w pierwszym przypadku obaj ćwiczący mają miecz, to w tachi dori broniący się nie ma boken (techniki te pochodzą głównie z Daitoryu i innych ćwiczonych przez O' senseia szkół kenjutsu). Techniki te polegają na zgraniu z akcją uke atakującego mieczem w celu rozbrojenia go i obezwładnienia.Trening aikiken podobnie jak aikijo rozpoczyna się od opanowania podstawowych suburi (cięcia, pchnięcia i ciosy boken). W naszym systemie Kobayashi Ryu ćwiczone są indywidualne układy określane jako kata boken (tłum. – jeden, pojedyńczy). Jest to ciąg ustalonych suburi boken ułożonych w logiczną akcję obronną i z zastosowaniem wyżej wymienionych zasad aikiken. Trzy podstawowe układy dotyczą kata w czterech kierunkach w interpretacji z 4 uke. Istnieją również formy łączące boken i jo.